Förr i tiden fanns det fem kvarnar på Västra Sicklaön: Qvarnen Tre Kronor på Kvarnholmen, Saltsjöqvarn, Hovings färgkvarn på Danviksklippan, väderkvarnen på Fåfängan och Danviks kvarn vid Hammarby sjö.
Kvarnbäcken eller Danviks ström hette vattendraget som en gång i tiden rann mellan Hammarby sjö och Saltsjön. I början av 1500-talet lät Gustav Vasa dämna upp Hammarby sjö för att får ett kraftigare fall på vattnet.
Resultatet av fördämningen blev att vattenytan i Hammarby sjö ofta låg högre än Mälarens, men vid vårflod kunde det hända att förhållandet var det omvända.
1543 togs Danviks kvarn (även Danvikskvarn eller Danviksqvarn) i bruk vid Kvarnbäcken alldeles invid dagens Danviks- eller Hammarbykanalen. Vattenregleringen användes också för att senare anlägga en hammarsmedja nedanför Danviksklippan som under en tid kallades för Vulcansborg.
På Gustav Vasas befallning beslöt man 1551 att flytta Stockholms hospital från Gråmunkeholmen till en nybyggnad vid Danviken. Till dess försörjning anslogs såväl kvarnen som övriga från klosterväsendet indragna egendomar på Sicklaön. Kvarnen var nämligen mycket lönsam.
100 år senare uppläts Danviks kvarn åt myntmästaren Marcus Danielsson Kock (Cronström).
I mitten av 1800-talet satt de nya arrendatorerna av Danviks kvarn, handlanden D R Winqvist och traktören J p Pettersson, igång en ny- och ombyggnad av vattenkvarnen. Den nya kvarnrännan lades 11 tum lägre än den gamla. Det satte stopp för båttrafiken i Sicklasundet.
1859 gjorde botanikern Thedenius en exkursion och hittade följande växter runt kvarnen:
Vattenstäkra Oenanthe aquatica, vattenblink Hottonia palustris, vit näckros Nymphaea alba, gul näckros Nuphar luteum, sjöranunkel Ranunculus lingua, vattenfräne Rorippa amphibium, rosenpilört Persicaria minor, vattenaloe Stratiotes aloides, rostnate Potamogeton alpinus, långnate R praelongus, krusnate P. crispus, bandnate P. compressus, trubbnate R obtusifolius och uddnate R friesii, bredkaveldun Typha latifolia och kallgräs Catabrosa aquatica.
Danvikens kvarn var i bruk fram till sekelskiftet 1900. I namnregistern från 1899 uppges en viss L.R.L. Wallén som qvarnarrendator.
Byggnaderna revs kort därefter.