Saltsjöqvarn har sitt ursprung i firman Holmberg & Möller som bildades 1861 för att bedriva förmalning av spannmål på olika tullkvarnar i Stockholms närhet.
Den tekniska och kommersiella utvecklingen gjorde det dock med tiden nödvändigt att koncentrera förmalningen till konsumtionsorten (Stockholm). Därför köpte man 1888 mark av Danvikens Hospital i Nacka beläget alldeles öster om hospitalets huvudbyggnad.
Köpekontraktet blev godkänt av Kungl. Maj:t den 19 oktober 1888, och avsåg ett markområde på 37 519 kvadratmeter. Priset var 66 000 kronor. Den för sin tid moderna ångdrivna kvarnanläggningen började byggas ett år senare och stod klar 1890. Arkitekt var A W Bergström.
Kvarndriften lades n3d 1988 av den dåvarande ägaren Kungsörnen AB, varefter två lagerbyggnader samt alla spannmålsilorna revs. Två kvarnbyggnader (från 1890 och 1923) har emellertid bevarats: Mannagrynskvarnen och Saltsjöqvarn.
